上海有机所是集探索自然科学真理的基础研究、面向国家战略需求和国民经济需要的高技术研究以及促进高新技术产业化为一体的综合性研究机构，也是历史悠久、人才荟萃、实力雄厚、设备一流、成果丰硕，在国内外享有较高声誉和影响的有机化学研究中心，在以有机化学研究为中心的基础研究、应用研究与高新技术开发、人才培养等方面均取得令人瞩目的成就。
上海有机所现有生命有机化学国家重点实验室、金属有机化学国家重点实验室和中国科学院氟化学重点实验室、中国科学院天然产物有机合成化学重点实验室，物理有机化学研究室、高分子材料研究室、计算机化学与化学信息学研究室、分析化学研究室与分析测试中心，沪港合成化学联合实验室，中国科学院有机合成工程研究中心以及企业联合实验室等。受中国化学会委托，编辑出版《化学学报》、《Chinese Journal of Chemistry》和《有机化学》三份SCI收录刊物。
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